Высокопроизводительный вычислительный комплекс Российской академии наук (РАН), построенный компаний РСК, помог в разработке нового метода более быстрого моделирования молекул-аптамеров для борьбы с коронавирусом SARS-CoV-2. Об этом говорится в публикации журнала Chemistry Europe.

Аптамеры — молекулы, которые способны находить заданные клетки организма и воздействовать на них. Использование аптамеров в терапевтической практике называют «цифровым лекарством» — благодаря целевому действию препарата, который способен предотвращать связывание вируса с клетками человека.

Вычислительные мощности Межведомственного суперкомпьютерного центра РАН (МСЦ РАН) использовались в ходе двухгодичного исследования, проводимого в рамках международного проекта The Good Hope Net («Сеть доброй надежды»). С помощью новой итеративной процедуры проектирования были получены высокоспецифичные аптамеры к рецептор-связывающему домену шиповидного белка SARS-CoV-2. В общей сложности специалисты смоделировали 256 аптамеров, из которых для дальнейших исследований отобраны восемь.

Отмечается, что для ускорения разработки учёные применили подход, который сочетает молекулярную динамику с квантовой химией. В частности, были задействованы молекулярный дизайн, трёхмерное молекулярное моделирование мишени, стыковка аптамера с белком, молекулярно-динамическое моделирование комплексов, квантово-механическая оценка взаимодействия между аптамером и мишенью и экспериментальная проверка в каждом цикле.

«Достоинством такого подхода является то, что он значительно увеличивает скорость разработки аптамеров "с нуля", так как для исследования не требуется нарабатывать большое количество вирусных белков, достаточно создать их трёхмерную модель», — говорится в публикации.

https://servernews.ru/1062003